近日,东南大学信息科学与工程学院、量子信息研究中心张川副教授课题组利用分子反应网络成功实现了LDPC译码,相关研究成果以“A Uniform Molecular Low-Density Parity-Check Decoder”为题,发表在合成生物学领域重要刊物ACS Synthetic Biology上,并被选为Supplementary Cover文章。
合成生物学是当前新兴的研究领域,其目的是在工程学及计算机理论的指导下改造并设计新的生物系统。低密度奇偶校验(low-density parity-check,LDPC)码作为一种纠错能力逼近香农极限的信道编码,已被遴选为第五代移动通信数据信道的编码方案。张川副教授课题组将上述两者结合,成功利用分子反应网络实现了LDPC译码器。该项研究首先基于化学反应网络,利用DNA计算实现了置信度传播算法,进而提出了利用DNA计算实现任意码长、码率以及节点自由度的LDPC译码器的设计方法。根据该设计方法,任意规模的LDPC译码器(图1)都可以被DNA计算所实现,译码结果由特定的分子浓度表征(图2)。该研究成果使得LDPC译码器的实现不再局限于传统硅基电路,也使得LDPC码在生物领域的应用成为可能。
本文的共同第一作者为东南大学信息科学与工程学院、量子信息研究中心副教授张川和硕士研究生戈璐璐,张川副教授为通讯作者。该工作得到国家自然科学基金、江苏省自然科学基金“优秀青年基金”、东南大学“至善青年学者”A类等项目的资助。(信息科学与工程学院)
论文链接:https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acssynbio.8b00304。